Aromaterapide başarılı sağlanması için doğru yolla uygulanması gerekmektedir. Aromatik yağlar dört temel yolla uygulanabilir. Bunlar topikal (dokunma, kompres ya da banyo), dâhili (gargara, vajinal ya da anal fitil), ağız (kapsüller ile yada bal, alkol veya seyreltici içinde sulandırma) ve inhalasyon (doğrudan yada dolaylı, buharlı yada buharsız olarak soluma) yolu ile gerçekleştirilir. Aromatik yağlar çok çabuk şekilde buharlaşabildikleri için uygulama genellikle solunum yoluyla yapılmaktadır. Solunum yolu yanı sıra ağız yoluyla ve deri yoluyla uygulanan aromaterapinin vücuttan atılımı solunum, ter ve idrar yoluyla olmaktadır (Bilgiç, 2017).  

Aromatikler etkilerini sinir sistemine veya kan dolaşımına geçerek bütün vücut sistemlerine etki edebilirler. Solunan aromatiklerdeki moleküller burnun reseptörlerine ulaşır ve buradan farklı kokular bu reseptörlerin farklı yerlerine bağlanırlar. İnsanların 10 binden fazla kokuyu ayırt etmelerine neden olurlar. Moleküllerin reseptörlere bağlanması elektrokimyasal bir mesajın olfaktor soğan ve olfaktor yol ile limbik sisteme iletimini sağlar. Alınan bu mesajlar hafıza ve hipotalamus aracılığıyla duygusal tepkileri harekete geçirerek yanıtların beynin diğer bölümlerine ve vücuda gönderilmesini sağlarlar. Bu mesajlarda öfori, rahatlama, sedasyon ve uyarıcı eylemlerin oluşmasını sağlamaktadırlar. Bu yağlar ayrıca içindeki bazı analjezik bileşenlerin, beyin sapındaki dopamin, endorfin, nöradrenalin ve serotonin gibi maddelerin salınmasını etkilediği ve bunun sonucunda analjezik etki göstermektedir. Diğer bir etkisi hipotezde kokuların etkilerini duygusal öğrenme, bilinçli algılama, inanç ve beklentilerle göstermesidir. Böylece birey önceki deneyimlerini göre kokuların hoşuna giden ya da gitmeyen biçiminde algılar. Görüldüğü gibi kişinin daha önceki deneyimleri kokulara ve aromaterapiye verdiği yanıtı etkiler. Bunun yanında kişinin yaşamış olduğu kültür, cinsiyeti ve karakteri de verdiği tepkiyi etkilemektedir (Bilgiç, 2017).